Ad eccezione della parte nord-occidentale dove al posto della foresta spoliante pluvioverde e della striscia contigua di savana a cespugli spinosi si trovano ora piantagioni di sisal, l’intera penisola era coperta da foreste ad alto fusto che adattandosi all’aumento delle precipitazioni si è passati a una foresta umida disseminata di specie a foglie caduche. Nel corso dei secoli questa foresta ad alto fusto fu sacrificata pezzo per pezzo ai disboscamenti effettuati dai Maya. Le ceibas sovrastano, quali uniche specie di notevole grandezza, le chiome degli altri alberi.

In quanto piante sacre i Maya le escludono dal disboscamento insieme ad altre varietà. Le ceibas, per l’ampia ombra che gettano, adornano tutte le plazas delle cittadine e dei villaggi odierni. In determinati giorni di festa si appendono ai loro rami frutti, batate ed altri prodotti agricoli e ortofrutticoli. La ceiba non è mai mancata in nessun insediamento maya. Era considerata un simbolo cosmico, il "primo albero del mondo" e "l’albero madre dell’umanità".

Venivano risparmiati anche tutti gli alberi che davano ai Maya frutti commestibili: lo zapote negro, i cui frutti dolci e simili a pomodori costituivano una gradita integrazione al mais povero di zucchero, il brosimum dei cui frutti si mangiava la polpa cruda o cotta, mentre i semi duri e neri, pestati, erano mescolati alla farina di mais ed infine gli alberi di papaia selvatici, o cresciuti per caso o coltivati nelle antiche milpas. La papaia che cresce spontanea ha solo frutti piccoli non commestibili. Sotto particolare protezione stavano infine gli alberi che fornivano resina balsamica e le piante medicinali.