Questa fase sviluppatasi tra il 1000 d.C. e il 1697 d.C., fu la più difficile che la civiltà Maya dovette vivere. Le cause sono soprattutto riconducibili a guerre e a fattori naturali, quali cambiamenti climatici che portarono a insufficienza alimentare e ad epidemie. I Maya dovettero così spostarsi e raggrupparsi nella penisola dello Yucatán, dove fondarono la capitale Chichén Itzá.

Tuttavia non cessarono i problemi per questa popolazione, perché alle cause precedentemente citate si aggiunse l’arrivo degli spagnoli: più precisamente nel 1502 Cristoforo Colombo sbarcò sulle coste dell’Honduras, venendo a contatto con il popolo dei Maya.

Dopo innumerevoli battaglie durate all’incirca due secoli, i Maya vennero sottomessi nel 1697 e da quella data questo popolo non fu più in grado di ricostituirsi in una società autonoma.